中后期管理的关键是防治病虫害，防止脱肥和脱水。小麦拔节期过后各种病虫害逐渐发生，尤其是病害应以防为主、以治为辅。小麦拔节期是白粉病、全蚀病和根腐病等防治的关键时期；小麦抽穗扬花以后是小麦白粉病、蚜虫、锈病、叶枯病、吸浆虫和赤霉病防治的关键时期。病虫害防治应根据病虫发生情况，品种抗性，确定防治对象和时期，要选用高效低毒农药防治，提倡综合防治，推广杀虫剂、杀菌剂混合使用，减少用药次数，降低用药成本。
1．白粉病、锈病防治
郑麦366对白粉病、条锈病抗性较好，一般在小麦抽穗期防治一次即可。过去叶锈病发病晚，且危害很小，不注重防治，但近几年叶锈病发病提前，且危害较重，所以，小麦生长后期，要注意叶锈病的发生与防治。以上病害防治办法为：20％粉锈宁50克／亩，或12.5％特谱唑30％克／亩，加水叶面喷雾，并可兼治颖枯病和叶枯病等。
2．赤霉病防治
赤霉病是河南南部小麦生产中经常发生的病害，在中、北时有发生，由于赤霉病主要影响籽粒，对小麦产量、品质影响较大，感病籽粒不但发芽率低而且含有毒素，人畜食用后引起中毒，并且有效防治期短，技术性强，用药不当，防治效果很差，所以作单独介绍：在抽穗扬花期天气相对湿度高于70%，气温15℃以上或遇连续阴雨天气极易发生，如预报在小麦抽穗扬花期有连续3天以上有一定降水量的阴雨天气，则应在雨前用50％多菌灵100克／亩或12.5％特谱唑40－100克／亩，加水均匀喷雾。赤霉病的防治要注意三点：①防治最佳时期是扬花期，②有效药剂是多菌灵和特谱唑；③用药要均匀喷洒在穗部。
3．虫害防治
麦蚜在扬花后发生对小麦产量影响最大，因此，小麦生长后期，应特别注意蚜虫的防治。可用50％抗蚜威8－10克／亩，或10％吡虫啉5－10克／亩，加水喷雾，可保护天敌；或用40％氧化乐果50－100毫升喷雾兼治粘虫和麦叶蜂等。同时要密切注意吸浆虫的发生与防治
另外对于白粉病、锈病和蚜虫，若在同一时期发生，可混合用药，同时防治，即每亩用20％粉锈宁50克，加50％抗蚜威8－10克；或12.5％特谱唑30克，加40％氧化乐果50－100毫升加水50公斤均匀混合叶面喷施。
4.搞好根外喷肥及喷施“麦健”
扬花期后7-10天每亩用200克磷酸二氢钾+1公斤尿素+40毫升麦健，加水50公斤进行叶面喷施，可以提高粒重，防止早衰和增加对干热风的抵抗。同时对提高面包小麦的品质也十分重要。
5．适当控制浇水
小麦发育进入灌浆期，应适当控制浇水，如遇干旱,可在扬花后或灌浆初期浇水(河南中北部在5月上旬)。小麦乳熟期至收割阶段（收获前15天）不应浇水，以免影响籽粒的光泽度和角质率、降低品质。
6.去杂保纯
优质小麦商品粮生产基地或种子生产基地，一定要把好田间去杂关，确保种子的纯度达到一级种子水平（99％）以上，商品粮的纯度要达到95％以上。因此在5月中、下旬必须动员、组织农民朋友自觉地将郑麦366麦田内的杂麦和杂草（包括燕麦、大麦、油菜等）带根拔除，确保优质商品麦或种子纯度和净度。
5、及时收获、单独贮藏
强筋小麦的收获期和晾晒过程对品质有重要影响，收获期偏早和偏晚都会导致强筋小麦产量和品质下降，尤其是收获期遇雨将导致籽粒角质率明显下降。强筋小麦的最佳收获期是蜡熟末期，一般在小麦腊熟末期和完熟期及时抢收，晒干扬净后，水分在12.5%以下即可入仓库，注意不可长时间在水泥晒场暴晒。要求单独收割、单独凉晒、单独储藏，避免收获或储藏混杂。
