李亚说，农田水利建设面广量大，除了小型农田水利、大中型灌区骨干工程外，还有大中型灌区的田间配套、农村饮水安全、农田排水、水土保持、农村治污，以及在有水土资源条件的地方，需兴建一批新的农田灌排工程等，目前都存在缺乏建设资金投入的问题，急需加大投入。农田水利作为一项重要的公共事业，必须建立以国家投入为主体的多元化投入体系。
李亚认为，农田水利工程的运行维护比新建更为重要。目前，农田水利工程运行维护困难的问题较为突出，完善农田水利设施管护体制已刻不容缓。农田水利工程，如小型水库、农田机井、灌区末级渠系属于县、乡或村所有，过去都由乡水利站进行业务指导管理，管理水平低。乡（镇）机构改革后，乡（镇）水利站撤消，改由乡（镇）农业服务中心指导管理，管理力量薄弱。在目前土地以家庭经营承包为主的生产经营模式下，依靠乡、村集体和农民群众来管好、用好农田水利设施，难度很大。建议国家有关部门研究解决农田水利工程维护运行经费保障和机制问题，按照“政企分开、政事分开、管养分离”的原则，对公益性部分将其工资和养护经费纳入公共财政，提高管护效果，充分发挥已建农田水利工程的效益。
李亚建议，农田水利建设需要长期地积累和不断地更新完善，近期要突出抓好四项工作。一是完善大型水利工程配套。下大力气抓紧完善一批重点水利工程的配套工程项目，加快推进大中型灌区节水改造和病险水库除险加固，突出抓好田间配套，充分发挥现有的水利设施的作用。二是加快小型农田水利设施建设。在大中型水利工程难以覆盖的地方，要优先安排资金，引导农民因地制宜兴建一批水窖、集雨池等积水灌溉工程。在有水无井、配套不健全的地方，进行井电配套、渠系延伸，扩大灌溉面积。三是普及推广节水灌溉技术。要因地制宜大力发展节水灌溉，重点发展投资大、效益高的喷灌、滴灌、雾灌等节水灌溉模式以及地埋管道、软带微喷等经济实用的节水灌溉模式。四是着力抓好农村饮水安全。农村安全饮水工程建设，是当前最受农民欢迎的民心工程之一。要进一步加大对农村安全饮水工程的投入力度，扩大范围，提高标准，让更多的农民得到实惠。
